Es sind vor allem die Entwicklungen bzw. die beeindruckenden Ergebnisse der modernen Kosmologie, der modernen Physik und der zeitgenössischen Biologie, die über die engeren Fachgrenzen hinaus auch auf grundlegende Fragestellungen führen, die jedoch nicht innerhalb dieser Fachwissenschaften selbst hinreichend zu beantworten sind. Diese Probleme sind zum Teil wissenschaftstheoretischer Natur, sofern sie die Grundlagen und Begrifflichkeiten bzw. Methodenprobleme der jeweiligen Wissenschaften betreffen;gleichwohl weisen die leitenden Themen dieser modernen Wissenschaften auch auf Problemstellungen, die traditionellerweise dem Gebiet der Naturphilosophie zuzuordnen sind. Die unter solchen Vorzeichen gestellten Fragen etwa nach dem Wesen der „Materie“, „Raum und Zeit“, „Kausalität und Zufall“, „Was ist ein Naturgesetz?“ „Was ist Leben?“ bzw. die Bestimmung des Anorganischen“, „Evolution und Teleologie“, der Unterschied zwischen „Natürlichem“ und „Artefakten“ (und daran geknüpfte biotechnologische Anschlussfragen) – und nicht zuletzt das vielverhandelte Thema „Konstruktivismus und Realität“ – sind lediglich besonders prominente Beispiele hierfür.

Indes berühren die einschlägigen Fragestellungen auch das Verhältnis zwischen den modernen Naturwissenschaften und der Philosophie selbst – zumal mit den Entwicklungen der modernen Naturwissenschaften mitunter ja auch der Anspruch verbunden ist, die traditionellerweise zwar der Philosophie zugeordneten Themen nunmehr in diesen (bzw. durch diese) Wissenschaften überhaupt zu beerben und sie so von „wissenschaftsferner Spekulation“ und Ballast zu befreien. Auf solche Weise stellen die Entwicklungen der modernen Naturwissenschaften und daran geknüpfte Ansprüche zweifellos auch eine besondere Herausforderung für die Naturphilosophie dar, die in der Tradition der europäischen Philosophie stets eine bedeutsame und selbständige philosophische Disziplin dargestellt hat.